土木工程系前身是1907年交通大学开设铁道工程专科班，1913年改为土木科，1920年调入交通大学唐山学校。1929年，交通大学上海校部复设土木科，称土木工程学院。抗日战争期间以土木工程系分设沪渝两地。1951年，复旦大学土木系并至交通大学土木系。1952年，交通大学土木工程系并入同济大学。1985年恢复建立土木建筑工程系，设工业与民用建筑、工业造型设计两个专业。1992年工业造型设计单独建系，1998年该系并入媒体设计学院。2003年船舶与海洋工程学院和建筑工程与力学学院合并组建船舶海洋与建筑工程学院。

   土木工程系二级学科有：岩土工程、结构工程、防灾减灾工程及防护工程，拥有一级学科博士点和博士后流动站。土木工程专业2017年列入国家“双一流”学科建设名单，2012年获上海市建设世界一流学科B类资助，2010年为教育部“卓越工程师教育培养计划”首批试点单位之一，2008年被评为国家特色专业，并且连续四次通过国家住房与城乡建设部的专业评估。其中“岩土工程”2007年被批准为上海市重点学科。

   土木工程系在高水平人才建设方面，至今已引进或培养了国家优秀青年基金获得者、教育部“新世纪优秀人才”、中组部“青年拔尖人才”、上海市优秀学术带头人、上海市领军人才、上海市曙光学者、上海市“启明星计划”、上海市浦江学者、上海市晨光学者等国家/省部级人才项目入选者共20余人次。

   土木工程学科方向特色鲜明，基础与应用研究并举，产学研合作卓有成效。围绕城市建设和社会发展需求，已在海洋土木工程、地下工程、大跨空间结构与新型结构、结构全生命周期可靠性、工程结构安全防灾、绿色建材等学科方向形成研究特色。与上海建工集团、上海宝钢集团公司等大型企业产学研合作，将成果应用于重大工程建设，如上海科技馆、三峡白鹤梁水下博物馆、上海磁悬浮与轨道交通、上海世博会场馆、首都机场航站楼。与美、日、德等国20余家大学和大型企业开展科研合作和人才培养。

   土木工程系坚持实行高起点、小而精的创新人才培养体制。国家视频公开课1门，上海市精品课程3门、上海市重点课程2门；学生屡获全国结构设计竞赛与岩土工程竞赛一等奖。

   国际化办学富有特色，与美国伊利诺伊大学等10余所欧美日一流大学建立了实质性、平等的科研和人才培养合作关系。学科教师赴国外进修学习、合作科研或讲学、参加学术会议常态化，国际知名学者来我系访问交流、授课常态化。学科国际影响力逐年提升，根据2013-2018年QS世界大学排名，上海交通大学土木工程学科继连续五年入围世界前100名榜单后再创历史新高，位列世界第30-40名之间。